U.C.0105，夏亚之乱12年后——。

面对实行高压政策的地球联邦政府，“马夫蒂”以暗杀政府高官的方式展开了抵抗。其领袖的真实身份，正是曾与阿姆罗·雷在一年战争中并肩作战的布莱德之子，哈萨维·诺亚。哈萨韦因神秘少女吉吉·安达卢西亚展现出的奇异力量而回忆起过去的创伤。在她的言语影响下，他一边动摇，一边准备马夫提的行动——袭击阿德莱德会议。

联邦军的肯尼斯·斯雷格在准备自己策划的阿德莱德会议防御作战及消灭马夫提的行动时，受到刑事警察机构的汉德利·约克桑提出的秘密协议。

在哈萨韦与肯尼斯各自为目标行动的同时，吉吉也为了自己的使命前往香港。

第二次新吉翁战争（夏亚之乱）12年后。

　U.C.0105——。地球联邦政府的腐败加剧了地球污染，甚至还推行了被称为“人类狩猎”的非人道政策，强制将平民遣送至宇宙。

　一个名为“马夫蒂”的反地球联邦政府组织，以暗杀联邦政府高官的激烈手段展开了抵抗。其领袖名为“马夫蒂·纳比尤·艾林”，真实身份是曾参加一年战争的联邦军上校布莱德·诺亚之子——“哈萨维”。

　哈萨维继承了阿姆罗·雷与夏亚·阿兹纳布尔的理念、理想及意志，力图作为一名战士开辟自己的道路。然而，他与联邦军上校凯奈斯·斯雷格以及神秘美少女琪琪·安达露西亚的相遇，使他的命运迎来了巨大的转折。